Cofactor mueve rápidamente la prueba predictiva de inmunoterapia al mercado con datos de Intermountain Spinout

NUEVA YORK – Después de anunciar una colaboración con Culmination Bio, empresa derivada de Intermountain Health, a principios de esta semana, Cofactor Genomics se está "moviendo agresivamente" para avanzar en su prueba OncoPrism para predecir si los pacientes con una variedad de cánceres tienen probabilidades de beneficiarse de la inmunoterapia.

Cofactor, con sede en San Francisco, ha estado validando OncoPrism, una prueba de cuantificación de células inmunitarias y subtipado de células T basada en la secuenciación de ARN, dentro del estudio PREDAPT utilizando muestras de tumores no identificados y datos clínicos coincidentes. El objetivo, según el CEO de Cofactor, Jarret Glasscock, es comercializar OncoPrism como una herramienta para identificar qué pacientes tienen más probabilidades de responder a los inhibidores del punto de control PD-1/L1, como Keytruda (pembrolizumab) de Merck u Opdivo (nivolumab) de Bristol Myers Squibb.

El estudio observacional prospectivo tiene un objetivo de inscripción de 1650 pacientes de 11 tipos de cáncer. Pero la nueva asociación Culmination también es clave para validar la prueba, dijo Glasscock, ya que le permite a Cofactor acceder a una base de datos de 4,5 millones de muestras de pacientes, cada una de las cuales se compara con datos de resultados clínicos longitudinales, y genoma completo, transcriptoma, secuenciación del exoma, proteómica, y otros análisis ómicos.

Este tesoro de datos, que Culmination denomina Plataforma de Inteligencia de Culminación, es su oferta para socios como Cofactor. Aunque la validación prospectiva de OncoPrism utilizando muestras recolectadas en PREDAPT es fundamental para demostrar su desempeño predictivo en múltiples tipos de cáncer, Glasscock dijo que los datos de Culmination brindan a Cofactor ventajas significativas, no solo en términos de la gran cantidad de muestras de pacientes en el depósito, sino también de tiempo.

"Necesitamos conocer los resultados de los pacientes con estos tratamientos de inmunoterapia [para validar OncoPrism]. Con los datos prospectivos que se recopilan como parte de PREDAPT, tenemos que esperar meses para que el resultado tenga los datos completos", dijo Glasscock. "Con los ensayos prospectivos, estamos esperando que los pacientes [respondan], y el valor de Culmination Bio es que tienen estas muestras de pacientes y los datos de pacientes de alta calidad ya recopilados y almacenados. Nos permite avanzar mucho más rápido con nuestros esfuerzos."

La prueba OncoPrism de Cofactor es esencialmente una plataforma de perfil inmunológico, como lo describió Glasscock. "Estamos analizando las firmas de expresión génica más informativas que se asignan a los tipos de células inmunitarias y los estados de las células inmunitarias que son más predictivos de los posibles respondedores y no respondedores a la inmunoterapia", dijo, y explicó que la plataforma OncoPrism esencialmente produce una medición de estos múltiples analitos. "Donde intervienen los datos clínicos es en el entrenamiento del modelo para que nos diga: '¿Cómo se ve un perfil para los respondedores en el cáncer de pulmón? ¿Cómo se ve un perfil que no responde?'"

Si bien la plataforma OncoPrism ya está construida, los millones de datos clínicos vinculados en Culmination Intelligence Platform ayudarán a Cofactor a entrenar su prueba para predecir la respuesta a la inmunoterapia en varios tipos de cáncer y hacerlo mucho más rápido.

Hasta ahora, Cofactor ha hecho el mayor progreso validando OncoPrism para predecir qué pacientes con cáncer de cabeza y cuello se beneficiarán de la inmunoterapia, a lo que Glasscock se refirió como la "indicación de cabeza de playa" de la empresa. En septiembre de 2022, la empresa presentó datos que demuestran que OncoPrism predijo el beneficio anti-PD-1 entre los pacientes con cáncer de cabeza y cuello con mayor precisión que la expresión de PD-L1 basada en inmunohistoquímica, que muchos oncólogos consideran un "biomarcador pésimo" para identificar a los que mejor responden a la inmunoterapia. . En ese estudio, OncoPrism demostró una precisión del 75 % en la predicción de los respondedores del inhibidor del punto de control inmunitario, mientras que la prueba de inmunohistoquímica PD-L1 tuvo una precisión del 42 %.

Con esa lectura de datos, Cofactor está "bien encaminado con el cáncer de cabeza y cuello" y tiene como objetivo comercializar OncoPrism en ese entorno como una prueba desarrollada en laboratorio en "un futuro muy cercano", según Glasscock. Agregó que la firma ya está trabajando con médicos de todo el país para prepararse para el lanzamiento comercial sobre el cáncer de cabeza y cuello a finales de este año y está considerando el espacio del cáncer de pulmón poco después.

"Estamos llegando a la línea de meta, pero también estoy muy entusiasmado con las próximas nueve indicaciones de cáncer y cómo los datos de Culmination realmente impulsarán los plazos para esas", dijo, destacando que Cofactor valora particularmente la profundidad y la calidad de los datos. puntos que los socios pueden consultar dentro del repositorio de Culmination Bio cuando intentan identificar poblaciones de interés.

El spin-out de Intermountain Health, que se incorporó como empresa en junio de 2022 y se lanzó públicamente en marzo de 2023, presenta su plataforma de inteligencia Culmination como un motor de búsqueda para crear cohortes de medicina de precisión. De acuerdo con la información en su sitio web, los socios pueden consultar su depósito de datos utilizando factores como la edad, el sexo, la raza, el tipo de cáncer, el estado de los biomarcadores y los códigos ICD, y ubicarse en la cohorte de pacientes que buscan estudiar.

"Culmination Bio se creó para expandir el éxito de los esfuerzos de medicina de precisión de Intermountain mediante la creación de conjuntos de datos multimodales longitudinales", dijo el director ejecutivo de Culmination, Lincoln Nadauld, en un comunicado en marzo anunciando el lanzamiento de la empresa. "Nuestra asociación con Intermountain Health nos ha permitido construir una plataforma que revolucionará la forma en que identificamos e implementamos nuevos conocimientos clínicos para beneficiar a los pacientes".

Culmination Bio, que no ha hecho públicas otras asociaciones además de la de Cofactor, rechazó una entrevista para este artículo. Como tal, no se conocen detalles sobre la diversidad y representación geográfica de su base de datos. Intermountain Health opera 33 hospitales principalmente en Utah, Idaho y Nevada, pero también tiene sitios afiliados en otras áreas.

"Sé que [Intermountain] ha estado construyendo esta base de datos durante décadas, y es una rica colección de muestras que han estado usando dentro de sus cuatro paredes", dijo Glasscock. "Este lanzamiento comercial de Culmination Bio es un esfuerzo por llevar ese rico recurso fuera de sus cuatro paredes".